Bahía Santa Cruz
La Bahía Santa Cruz es una de las más atractivas del complejo turístico. Su arena es blanca y el agua es templada. En ella se ubica el embarcadero ó dársena de donde salen las principales embarcaciones que realizan los diversos recorridos turísticos por la zona. Ofrece servicio de restaurantes, bares y clubs nocturnos. Frente a ella se ubica el muelle para cruceros que cada año hacen su arribo a este lugar más de 45 embarcaciones.

Bahía Tangolunda
En sus 243 hectáreas alberga a los hoteles de alta densidad turística. Se ubican también modernas plazas comerciales, y un profesional campo de golf de 18 hoyos, comprendidos en una área de 78 hectáreas. Tiene además zonas destinadas para habitación residencial y villas, pero lo más extraordinario son sus cinco playas que la integran: Ventura, Manzanillo, Tornillo, Tangolunda y Rincón Sabroso.

Bahía Chahué
Es famosa debido a que en ella se han dado cita diversos exponentes de musica pop y rock debido al festival Musica por la Tierra que año con año se viene realizando. Cuenta con un aplaza comercial, tienda Elecktra, discotecas, bares, agencia de viajes y mucho mas...

Bahía Cacaluta
Esta bahía tiene un gran valor natural, paisajístico, ecológico y recreacional. Su atractiva y abundante vegetación permite la inspiración de los artistas y por su gran valor paisajístico ha sido escenario de películas y comerciales. La bahía Cacaluta tiene como principal característica su forma abierta que semeja un corazón. Frente a ella hay una isla que la protege totalmente de los vientos dominantes para dejar una suave brisa.

Bahía Chachacual
La bahía de Chachacual es una gran reserva ecológica (integrada al Parque Nacional) con vegetación y manglares. Tiene dos playas vírgenes de extraordinaria belleza y totalmente tranquilas: Chachacual y La India, ambas son de gran belleza, por su agradable ambiente tranquilo y por la vegetación que se halla en la zona. Hasta la fecha, la única vía de acceso es por mar, ocupando el servicio de lanchas en la playa Santa Cruz.

Bahía Conejos
Es la primera bahía, de oriente a poniente, del complejo turístico y a corto plazo esta considerada la segunda principal zona hotelera del destino. Su acceso es posible por vía marítima desde la playa Santa Cruz o bien por la carretera asfaltada a Salina Cruz. En el frente de la playa principal se han proyectado condominios, villas y tiempos compartidos La bahía cuenta con cuatro playas y son las siguientes: Conejos, Punta Arenas, Arena y Tejoncito.

Bahías Organo y Maguey
Se trata de dos bahías que se hallan prácticamente unidas. Cada una de ellas cuenta con una sola playa la del Organo y la del Maguey. Se puede disfrutar de rica comida en las palapas del lugar. El agua es templada y de tonalidades verdes y azules.

Bahía Riscalillo
Está formada por una playa de arena fina y blanca con pendiente moderada. El agua tiene tonalidades verdes y azules, oleajes tranquilos y poca profundidad.
Existe una gran diversidad de fauna.

El Gobierno de la República Mexicana publica en 1998, en el Diario Oficial de la Federación , la declaración de Área Natural Protegida al Parque Nacional de Huatulco el objeto de conservar los recursos naturales y culturales de la costa sur de Oaxaca, particularmente en el Municipio de Santa María Huatulco, protegiendo con esto a más de 413 especies de plantas, 130 especies y subespecies de mamíferos, 291 especies de aves, aproximadamente 72 especies de reptiles y alrededor de 15 especies anfibias que representan la gran variedad de paisajes, plantas y animales que forman el patrimonio regional, nacional y mundial, para promover la realización de actividades científicas, educativas, recreativas y culturales bajo un principio de conservación, restauración, manejo, racionalidad y sustentabilidad.

La fauna en la región terrestre y marina de Huatulco es importante por presentar especies que no existen en ningún otro lado del mundo y es por esto que con 11,890 hectáreas de las cuales 6,374 son terrestres y 5,516 marítimas se garantiza la protección de las mismas además de conservar la vegetación en su mayoría del tipo de selva baja caducifolia con zonas de sabana, selva de dunas, manglar, vegetación riparia, de humedales y matorrales costeros.

La existencia de especies de mamíferos como venados, mapaches, pumas, osos hormigueros, armadillos, etc.; de aves como águilas, halcones, loros, carpinteros, búhos, urracas, etc.; entre residentes, visitantes, migratorias y migratorias de paso; de reptiles como las iguanas, lagartijas y culebras; anfibios como sapos, ranas, etc., y una gran diversidad de mariposas, en conjunto representando un promedio del 21.1% de la diversidad a nivel nacional y la importancia del parque y sus atractivos.

En la fauna marina encontramos un pez globo, ángel, huachinango, pargo, jurel, barrilete, sierra; crustáceos como la langosta; moluscos como el ostión, almeja y caracol púrpura, esta última especie aprovechada sustentablemente por indígenas de la costa oaxaqueña como una actividad tintorera tradicional; reptiles como la tortuga golfita; mamíferos como el delfín, orcas y esporádicamente ballenas y lobos marinos así como 14 especies de coral conformados con arrecifes de gran importancia ecológica debido a la diversidad de especies que albergan en diferentes playas de las bahías de San Agustín, Chachacual y Cacaluta y constituidas básicamente por tres especies de coral duro y ripio y que ofrecen una amplia gama de atractivos biológicos de la enorme variedad de organismos vivientes que encuentran en los arrecifes su hábitat ideal y a poca profundidad.