La región completa se encuentra en una zona de clima tropical cálido, excepto en las elevaciones de la sierra Atravesada, donde los vientos provenientes del Pacífico proporcionan un clima comparativamente más fresco y saludable.

El promedio anual de pluviosidad en la vertiente atlántica del istmo de Tehuantepec (la costa del golfo de México) es de 3960 mm, en tanto que las temperaturas alcanzan los 35 °C. La vertiente del Pacífico tiene un clima más seco y menos cálido.

El clima en Santo Domingo Tehuantepec